Ruhban Okulu, Cumhuriyet döneminde 324 mezun vermiş, bunların 75’i Türk uyruklu Rum, 210’u Yunanistan uyruklu, 39’u ise diğer ülkelerdendir. Okulun son 15 yıllık müdürü de, okul da görev alabilmek için Türk uyruğuna geçmiş bir Yunan vatandaşıdır.(1)
Okulun yüksek Teoloji Bölümü, Anayasa Mahkemesi kararı ile, tüm özel yüksekokullar gibi, 1971 yılında kapanmıştır. Okul yönetimi, Ankara Üniversitesi Senato kararıyla önerilen intibak statüsüne ilgi göstermemiştir. Okulun lise bölümü, azınlık lisesi statüsünde, Heybeliada Özel Erkek Rum Lisesi adıyla eğitim verirken, 1985 yılından sonra öteki okulların bazılarında olduğu gibi öğrencisi kalmamıştır.
Okulun statüsü bu gün Anayasa’ya aykırıdır. Yükseköğretim kanununa aykırıdır, nihayet Özel Öğretim Kurumları Kanunu’na aykırıdır.Türkiye’de din eğitimi alanında, hangi derecede ve türde olursa olsun, özel eğitim kurumu açılamaz. Bu bir kesin hükümdür ve din farkı gözetilmeksizin tüm vatandaşlar için geçerlidir. Azınlıklara imtiyaz değil, vatandaşlarla eşit haklar tanınmıştır. Vatandaşlara yasak olan din okulu açma hakkının, azınlığa tanınması söz konusu edilemez.
Özel Harp Okulu veya Özel Polis Kolejinin açılma imkanı bulunmadığı gibi Protestanların, Katoliklerin de okul açmasına imkan vermemektedir. Aynı şekilde müslüman tarikatların da dini eğitim kurmalarına yasalar engeldir.
Manastır yaşamı içinde, Patrikhane yönetim ve denetimi altında bir eğitim kurumu, Türk Milli Eğitiminin Genel Amaç ve Temel İlkelerine tamamıyla aykırıdır.
Okulun kuruluş amacında belirtilen “İstanbul’daki Fener Rum Patrikhanesi’ne din adamı yetiştirmek için“ ilk bakışta amaç sadece İstanbul’daki Patrikhaneye din adamı yetiştirmek olmasına rağmen, esas amaç bütün dünya Ortodokslarına üst düzeyde kiliselerde görev alacak Türk düşmanı ruhban yetiştirmektir.(2)
Başta ABD yetkilileri olmak üzere Hıristiyan ülkelerin temsilcileri, Türkiye’ye geldiklerinde Yunanlıların girişimleriyle Ruhban Okulu’nu gündeme getirmektedirler. Fener Patrikhanesi, esasen İstanbul’da yaşayan Rum vatandaşlarımızın gerçek ihtiyaçlarını karşılamaktan çok, “Elen ve Ortodoks Emellerini” simgeleyen “siyasi bir talep” niteliğinde olduğu değerlendirilmektedir.